Fortran-Cython工作流程

Question

我想建立一个工作流以在Windows机器上使用Cython从Python到达fortran例程

经过一番搜索后，我发现：http : //www.fortran90.org/src/best-
practices.html#interface-with-c
和https://stackoverflow.com/tags/fortran-
iso-c-binding/info

和一些代码图片：

Fortran方面：

pygfunc.h：

void c_gfunc(double x, int n, int m, double *a, double *b, double *c);

pygfunc.f90

module gfunc1_interface
    use iso_c_binding
    use gfunc_module

    implicit none

contains
    subroutine c_gfunc(x, n, m, a, b, c) bind(c)
        real(C_FLOAT), intent(in), value :: x
        integer(C_INT), intent(in), value ::  n, m
        type(C_PTR),    intent(in), value :: a, b
        type(C_PTR),                value :: c

        real(C_FLOAT), dimension(:), pointer :: fa, fb
        real(C_FLOAT), dimension(:,:), pointer :: fc

        call c_f_pointer(a, fa, (/ n /))
        call c_f_pointer(b, fb, (/ m /))
        call c_f_pointer(c, fc, (/ n, m /))
        call gfunc(x, fa, fb, fc)
     end subroutine

end module

gfunc.f90

module gfunc_module

use iso_c_binding

    implicit none
    contains
        subroutine gfunc(x, a, b, c)
            real,                 intent(in) :: x
            real, dimension(:),   intent(in) :: a, b
            real, dimension(:,:), intent(out) :: c

            integer :: i, j, n, m
            n = size(a)
            m = size(b)
            do j=1,m
                do i=1,n
                     c(i,j) = exp(-x * (a(i)**2 + b(j)**2))
                end do
            end do
        end subroutine
end module

Cython端：

pygfunc.pyx

cimport numpy as cnp
import numpy as np

cdef extern from "./pygfunc.h":
    void c_gfunc(double, int, int, double *, double *, double *)

cdef extern from "./pygfunc.h":
    pass

def f(float x, a=-10.0, b=10.0, n=100):
    cdef cnp.ndarray ax, c
    ax = np.arange(a, b, (b-a)/float(n))
    n = ax.shape[0]
    c = np.ndarray((n,n), dtype=np.float64, order='F')
    c_gfunc(x, n, n, <double *> ax.data, <double *> ax.data, <double *> c.data)
    return c

和安装文件：

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Distutils import build_ext
import numpy as np

ext_modules = [Extension('pygfunc', ['pygfunc.pyx'])]

setup(
    name = 'pygfunc',
    include_dirs = [np.get_include()],
    cmdclass = {'build_ext': build_ext},
    ext_modules = ext_modules )

所有文件放在一个目录中

fortran文件编译（使用NAG Fortran Builder）pygfunc编译

但链接它们会引发：

错误LNK2019：函数___pyx_pf_7pygfunc_f中引用的未解析的外部符号_c_gfunc

而且当然：

致命错误LNK1120：1个未解决的外部零件

我想念什么？还是从一开始就在Python和Fortran之间建立这种工作流的这种方式被指责？

THX马丁

Answer 1

这是一个最小的工作示例。我使用gfortran并将编译命令直接写入安装文件。

gfunc.f90

module gfunc_module
implicit none
contains
subroutine gfunc(x, n, m, a, b, c)
    double precision, intent(in) :: x
    integer, intent(in) :: n, m
    double precision, dimension(n), intent(in) :: a
    double precision, dimension(m), intent(in) :: b
    double precision, dimension(n, m), intent(out) :: c
    integer :: i, j
    do j=1,m
        do i=1,n
             c(i,j) = exp(-x * (a(i)**2 + b(j)**2))
        end do
    end do
end subroutine
end module

pygfunc.f90

module gfunc1_interface
use iso_c_binding, only: c_double, c_int
use gfunc_module, only: gfunc
implicit none
contains
subroutine c_gfunc(x, n, m, a, b, c) bind(c)
    real(c_double), intent(in) :: x
    integer(c_int), intent(in) ::  n, m
    real(c_double), dimension(n), intent(in) :: a
    real(c_double), dimension(m), intent(in) :: b
    real(c_double), dimension(n, m), intent(out) :: c
    call gfunc(x, n, m, a, b, c)
end subroutine
end module

pygfunc.h

extern void c_gfunc(double* x, int* n, int* m, double* a, double* b, double* c);

pygfunc.pyx

from numpy import linspace, empty
from numpy cimport ndarray as ar

cdef extern from "pygfunc.h":
    void c_gfunc(double* a, int* n, int* m, double* a, double* b, double* c)

def f(double x, double a=-10.0, double b=10.0, int n=100):
    cdef:
        ar[double] ax = linspace(a, b, n)
        ar[double,ndim=2] c = empty((n, n), order='F')
    c_gfunc(&x, &n, &n, <double*> ax.data, <double*> ax.data, <double*> c.data)
    return c

setup.py

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Distutils import build_ext
# This line only needed if building with NumPy in Cython file.
from numpy import get_include
from os import system

# compile the fortran modules without linking
fortran_mod_comp = 'gfortran gfunc.f90 -c -o gfunc.o -O3 -fPIC'
print fortran_mod_comp
system(fortran_mod_comp)
shared_obj_comp = 'gfortran pygfunc.f90 -c -o pygfunc.o -O3 -fPIC'
print shared_obj_comp
system(shared_obj_comp)

ext_modules = [Extension(# module name:
                         'pygfunc',
                         # source file:
                         ['pygfunc.pyx'],
                         # other compile args for gcc
                         extra_compile_args=['-fPIC', '-O3'],
                         # other files to link to
                         extra_link_args=['gfunc.o', 'pygfunc.o'])]

setup(name = 'pygfunc',
      cmdclass = {'build_ext': build_ext},
      # Needed if building with NumPy.
      # This includes the NumPy headers when compiling.
      include_dirs = [get_include()],
      ext_modules = ext_modules)

test.py

# A script to verify correctness
from pygfunc import f
print f(1., a=-1., b=1., n=4)

import numpy as np
a = np.linspace(-1, 1, 4)**2
A, B = np.meshgrid(a, a, copy=False)
print np.exp(-(A + B))

我所做的大多数更改都不是根本性的。这是重要的。

• 您正在混合双精度和单精度浮点数。 不要那样做 一起使用real（Fortran），float（Cython）和float32（NumPy），并一起使用double precision（Fortran），double（Cyton）和float64（NumPy）。尽量不要无意间将它们混合在一起。我以为您想在我的例子中加倍。

• 您应该将所有变量作为指针传递给Fortran。在这方面，它与C调用约定不匹配。Fortran中的iso_c_binding模块仅匹配C命名约定。将数组作为指针传递，其大小作为单独的值。可能还有其他方法可以执行此操作，但我不知道。

我还在安装文件中添加了一些东西，以显示在构建时可以在其中添加一些更有用的额外参数的地方。

要编译，请运行python setup.py build_ext --inplace。要验证它是否有效，请运行测试脚本。

这是在fortran90.org上显示的示例：mesh_exp

这里还有两个，我放在一起前段时间：ftridiag，fssor
我当然不会在这方面的专家，但这些例子可能是一个良好的开端。