本地Blast2GO安装，及其数据库更新和导入数据中断的解决方案
http://blog.sciencenet.cn/blog-686680-748695.html
http://blog.shenwei.me/local-blast2go-installation/
http://www.dxy.cn/bbs/thread/15446435#15446435
本地Blast2GO安装，及其数据库更新和导入数据中断的解决方案
本文提供改进的本地化Blast2GO自动化安装脚本，以及指导如何更新数据库，并提供导入数据中断的解决方案。对无root权限的用户同样有效，同时指导如何成功运行b2g4pipe和本地Blast2GO图形界面。
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本人仅安装了此程序，未跑过真实数据，且时间已久，不做任何解答，抱歉
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由于Blast2GO官方网站提供的Blast2GO数据库安装教程需要用户具有root权限，而其官网上另一自动化安装脚本已过时，会出错，故文本将二者结合，并根据自身经验重新整理。
软件环境
- 操作系统 ：Linux（Centos, Ubuntu, Fedora等），最好有root权限，方便配置mysql。
- 数据库 ：Mysql（或者Mysql的分支MariaDB），要有能创建数据库权限的用户，如果没有，可以参照我另一篇日志在没有Root权限的情况下安装Mysql。
- Java运行环境：一定要Oracle JDK (6、7都行)，不要用OpenJDK，否则无法运行b2g4pipe！可参照我另一篇日志《Linux安装JDK》（内含没root权限时安装方法）。
- Local NCBI-Blast，可参照我另一篇文章《Linux系统中NCBI BLAST+本地化教程》。
注：1. 除非是已经非root安装mysql在有足够磁盘空间的分区（home）下，请一定参照网上的方法把Mysql的数据库目录配置到有足够空间的目录下面！2. 安装oracle jdk，不用卸载openjdk，并切换java到oracle jdk。
sudo /usr/sbin/alternatives --config java
手动准备数据
1) 避免不稳定的网络环境使下载中断，自己用迅雷或者FTP客户端（wget也支持断点续传）下载以下4个文件（一共5.1G）：
- godatabase: http://archive.geneontology.org/latest-full/ 目录下对应的go_XXXX-assocdb-data.gz
- gene_info.gz: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene_info.gz
- gene2accession.gz: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz
- idmapping.tb.gz: ftp://ftp.pir.georgetown.edu/databases/idmapping/idmapping.tb.gz
2) 解压文件。提示：gzip -d解压文件后会删除原来的压缩文件。
gzip -d *.gz
3）下载local_b2g_db.zip文件，并解压。内含创建数据库的b2gdb.sql文件和导入idmapping文件的java程序ImportIdMapping.class及其依赖的库mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar。
为了方便，上述文件都放到同一目录下。解压后文件清单如下：
./: 31.48 GB
2.97 KB ImportIdMapping.class
2.33 KB b2gdb.sql
1.83 KB download_and_install.sh
3.27 GB gene2accession
1.32 GB gene_info
22.37 GB go_201307-assocdb-data
4.51 GB idmapping.tb
528.18 KB mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar
导入数据库
0) 预防针。
b2gdb.sql建立数据库以及用户时，默认只赋予用户（blast2go）在本机（localhost）访问数据库（b2gdb）的权限，如下所示：
GRANT ALL ON b2gdb.* TO 'blast2go'@'localhost' IDENTIFIED BY 'blast4it';
FLUSH PRIVILEGES;
如果你今后需要在自己电脑使用服务器的b2g数据库，那么你需要赋予blast2go在任意主机（%）访问数据库的权限，修改如下：
GRANT ALL ON b2gdb.* TO 'blast2go'@'%' IDENTIFIED BY 'blast4it';
FLUSH PRIVILEGES;
没这样设置的结果就是，PC远程连接服务器的数据库提示connection time out，即使PC和服务器的防火墙设置无问题，仍然无法连接数据库。那么补救措施就是在服务器登陆mysql（必要时-P指定端口），运行上述两句mysql命令。
1) 配置download_and_install.sh文件：
#!/bin/sh
# 配置以下7行
godbname=go_201307-assocdb-data # 根据http://archive.geneontology.org/latest-full/下assocdb-data.gz文件更改
dbname=b2gdb # 数据库 名称，不用改
dbuser=root # 数据库 用户名
dbpass=passwordofroot # 数据库 用户密码
dbhost=localhost # 数据库 所在ip
dbport=3306 # 数据库 端口，3306是默认的，如果是无root权限安装的MySQL，一定要改为设置的端口，比如我的33060
path=/home/shenwei/Public/Data/local_b2g # 数据文件目录，注意路径末尾不要有“/”
# 如果已经下载数据文件，下列部分保持注释
### Download the GO database the NCBI mapping files and the PIR mapping
# wget http://archive.geneontology.org/latest-full/$godbname.gz
# wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene_info.gz
# wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz
# wget ftp://ftp.pir.georgetown.edu/databases/idmapping/idmapping.tb.gz
# 如果已经下载并解压数据文件，下列部分保持注释
###unzip files
# gzip -dv $godbname.gz
# gzip -dv gene_info.gz
# gzip -dv gene2accession.gz
# gzip -dv idmapping.tb.gz
echo 1. Create the DB Tables and user
mysql -h$dbhost -P$dbport -u$dbuser -p$dbpass < b2gdb.sql
### Import data to the GO Database
echo 2. Import $godbname
mysql -h$dbhost -P$dbport -u$dbuser -p$dbpass $dbname < $godbname
echo 3. Import gene2accession
mysql -h$dbhost -P$dbport -u$dbuser -p$dbpass $dbname -e"LOAD DATA LOCAL INFILE '$path"/gene2accession"' INTO TABLE gene2accession FIELDS TERMINATED BY '\t' LINES TERMINATED BY '\n';"
echo 4. Import gene_info
mysql -h$dbhost -P$dbport -u$dbuser -p$dbpass $dbname -e"LOAD DATA LOCAL INFILE '$path"/gene_info"' INTO TABLE gene_info FIELDS TERMINATED BY '\t' LINES TERMINATED BY '\n';"
echo 5. Import idmapping.tb
java -cp .:mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar: ImportIdMapping $path/idmapping.tb $dbhost:$dbport $dbname blast2go blast4it
echo All data imported.
注意：如果是无root权限安装的MySQL，一定要设置数据库端口为为自己设置的端口，比如我的33060，否则无法导入idmapping.tb。
如果导入数据出现中断，切勿简单地重新运行download_and_install，请参照后面的章节进行操作。
总共导入数据需要约7小时。
数据库各文件大小：
b2gdb/: 74.91 GB
17.59 GB association.MYI
14.82 GB evidence.MYI
6.43 GB evidence_dbxref.MYI
5.91 GB evidence.MYD
3.90 GB association.MYD
3.63 GB dbxref.MYI
3.31 GB gene_product.MYI
2.68 GB gene2accession.MYD
2.37 GB gene_product_count.MYI
2.01 GB gi2uniprot.MYI
1.95 GB gene_product_synonym.MYI
1.67 GB evidence_dbxref.MYD
1.42 GB gene_product.MYD
1.40 GB gene2accession.MYI
1.28 GB gene_info.MYD
1.10 GB gene_product_synonym.MYD
1.10 GB gene_product_count.MYD
894.13 MB gi2uniprot.MYD
636.91 MB dbxref.MYD
349.73 MB gene_info.MYI
224.40 MB species.MYI
156.21 MB graph_path.MYI
55.88 MB species.MYD
23.98 MB graph_path.MYD
16.19 MB term_synonym.MYI
10.71 MB term.MYI
9.58 MB term_dbxref.MYI
7.27 MB term_definition.MYD
5.63 MB term2term.MYI
5.16 MB term_synonym.MYD
3.10 MB term.MYD
2.32 MB term_dbxref.MYD
1.53 MB term2term.MYD
1.08 MB term_definition.MYI
735.00 KB association_qualifier.MYI
419.75 KB association_qualifier.MYD
343.00 KB term_subset.MYI
196.00 KB gene_product_homolset.MYI
111.00 KB term2term_metadata.MYI
87.12 KB term_subset.MYD
82.42 KB gene_product_homolset.MYD
49.76 KB db.MYD
38.00 KB db.MYI
37.67 KB term2term_metadata.MYD
36.00 KB homolset.MYI
35.00 KB association_species_qualifier.MYI
16.73 KB species.frm
14.35 KB homolset.MYD
12.63 KB db.frm
12.60 KB association.frm
12.58 KB graph_path.frm
12.57 KB term.frm
12.56 KB term_synonym.frm
12.54 KB gene_product.frm
12.52 KB dbxref.frm
12.51 KB evidence.frm
11.69 KB association_species_qualifier.MYD
9.06 KB gene_info.frm
8.96 KB gene2accession.frm
8.67 KB relation_properties.frm
8.64 KB source_audit.frm
8.62 KB seq.frm
8.61 KB homolset.frm
8.56 KB gene_product_ancestor.frm
8.54 KB term_definition.frm
8.53 KB instance_data.frm
8.53 KB gene_product_count.frm
8.53 KB term2term.frm
8.51 KB relation_composition.frm
8.50 KB association_property.frm
8.50 KB gene_product_homology.frm
8.49 KB intersection_of.frm
8.49 KB term2term_metadata.frm
8.49 KB phylotree_property.frm
8.48 KB assoc_rel.frm
8.48 KB seq_property.frm
8.47 KB association_qualifier.frm
8.47 KB gene_product_property.frm
8.46 KB gene_product_seq.frm
8.46 KB term_dbxref.frm
8.46 KB term_property.frm
8.45 KB gene_product_phylotree.frm
8.45 KB gene_product_homolset.frm
8.45 KB association_species_qualifier.frm
8.44 KB graph_path2term.frm
8.43 KB gene_product_synonym.frm
8.43 KB association_isoform.frm
8.42 KB phylotree.frm
8.42 KB gene_product_subset.frm
8.42 KB gene_product_dbxref.frm
8.41 KB evidence_dbxref.frm
8.41 KB term_audit.frm
8.40 KB term_subset.frm
8.40 KB seq_dbxref.frm
8.39 KB gi2uniprot.frm
7.00 KB relation_composition.MYI
4.00 KB source_audit.MYI
4.00 KB instance_data.MYI
3.00 KB relation_properties.MYI
2.00 KB seq_property.MYI
2.00 KB gene_product_property.MYI
1.00 KB term_property.MYI
1.00 KB intersection_of.MYI
1.00 KB phylotree.MYI
1.00 KB phylotree_property.MYI
1.00 KB graph_path2term.MYI
1.00 KB seq.MYI
1.00 KB seq_dbxref.MYI
1.00 KB gene_product_homology.MYI
1.00 KB gene_product_subset.MYI
1.00 KB gene_product_seq.MYI
1.00 KB gene_product_phylotree.MYI
1.00 KB gene_product_dbxref.MYI
1.00 KB term_audit.MYI
1.00 KB gene_product_ancestor.MYI
1.00 KB association_property.MYI
1.00 KB association_isoform.MYI
1.00 KB assoc_rel.MYI
289.00 B relation_composition.MYD
196.00 B source_audit.MYD
145.00 B relation_properties.MYD
65.00 B db.opt
24.00 B instance_data.MYD
0.00 B gene_product_dbxref.MYD
0.00 B seq_property.MYD
0.00 B intersection_of.MYD
0.00 B gene_product_ancestor.MYD
0.00 B assoc_rel.MYD
0.00 B association_isoform.MYD
0.00 B term_audit.MYD
0.00 B seq_dbxref.MYD
0.00 B term_property.MYD
0.00 B seq.MYD
0.00 B phylotree.MYD
0.00 B gene_product_seq.MYD
0.00 B graph_path2term.MYD
0.00 B gene_product_property.MYD
0.00 B association_property.MYD
0.00 B gene_product_phylotree.MYD
0.00 B gene_product_subset.MYD
0.00 B gene_product_homology.MYD
0.00 B phylotree_property.MYD
运行官方的例子b2g4pipe
下载 https://blast2go.com/data/blast2go/b2g4pipe_v2.5.zip并解压。配置b2gPipe.properties文件中b2gdb信息：
// GO and B2G Data Access Basic
Dbacces.dbname=b2gdb
Dbacces.dbhost=localhost:3306
Dbacces.dbuser=blast2go
Dbacces.dbpasswd=blast4it
注意
1） 如果是无root权限安装的MySQL，一定要设置数据库端口为为自己设置的端口。
2） 如果是在本地运行，一定要保证服务器的mysql端口（3306）没有被防火墙屏蔽，Dbaccess.dbhost中的IP也要设置成服务器的IP。
进入到b2g4pipe目录,运行自带例子。
sh ./runPipeExample.sh
其内容如下，也可以直接在命令行输入，：
#!/bin/bash
# Windows中不要上面这行！！！！！！！！！！！！！
# -Xmx1024M 指定java最大可使用内存，根据情况更改
java -Xmx1024M -cp *:ext/*: es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in 10_BlastResults_2011.xml -out results/myproject
-prop b2gPipe.properties -v -annot -dat -img -ips ipsr -annex -goslim -wiki html_template.html
# Windows中把冒号改成分号！！！！！！！！！！！！！
# java -Xmx1G-cp *;ext/*; es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in 10_BlastResults_2011.xml -out results/myproject
-prop b2gPipe.properties -v -annot -dat -img -ips ipsr -annex -goslim -wiki html_template.html
注意：如果是在windows上运行，要将其中的冒号“:”改为分号“;”，文件名后缀改为.bat，直接双击文件运行。
不到一分钟运行结束。
运行图形界面
在自己的安装了java（安装方法请google，记得设置环境变量PATH、CLASSPATH）的电脑（也可以通过VNC远程连接服务器）上直接运行命令java -cp *:ext/*: es.blast2go.Blast2GO或者，将其写入文件（windows中后缀为.bat，linux为.sh）：
#!/bin/bash
# Windows中不要上面这行！！！！！！！！！！！！！
# -Xmx1024M 指定java最大可使用内存，根据情况更改
java -Xmx1024M -cp *:ext/*: es.blast2go.Blast2GO
# Windows中把冒号改成分号！！！！！！！！！！！！！
# java -Xmx1024M -cp *;ext/*; es.blast2go.Blast2GO
进入到b2g4pipe目录,运行脚本（windows中直接双击.bat文件）:
sh ./Blast2GO_GUI.sh
进入图形界面后，配置数据库：菜单栏点击“Tools”，最后一个“DB configuration”，更改Host为localhost，DB name为b2gdb，然后点击播放按钮（指向右边的三角形）生效，下次启动程序仍然有效。
注意：如果是无root权限安装的MySQL，Host需要加上自定义的mysql端口，比如192.168.1.2:33060，192.168.1.2为服务器IP。
运行例子：菜单栏File->Import->Import Blast Results->One XML File，导入10_BlastResults_2011.xml，菜单栏Mapping->Run Go Mapping Step即可。运行一分钟左右完成。
数据库更新 ，导入数据中断的解决方案：
1）assocdb-data数据的更新：
下载解压新的assocdb-data文件后，注释download_and_install.sh中其它导入数据的命令，只保留第二步：
### Import data to the GO Database
echo 2. Import $godbname
mysql -h$dbhost -u$dbuser -p$dbpass $dbname < $godbname
并运行download_and_install.sh。不用担心与旧的数据冲突，它们会被自动删除然后更新。
2）gene2accession、gene_info、idmapping.tb的更新：
由于它们是以导入数据文件的方式导入数据库，需要登陆到数据库中，手动清空对应的原来数据表中的数据：
$ mysql -u root -p
Enter password:
mysql> use b2gdb;
Database changed
mysql> truncate table gene2accession;
Query OK, 0 rows affected (16.67 sec)
mysql> truncate table gene_info;
Query OK, 0 rows affected (2 min 2.49 sec)
mysql> truncate table gi2uniprot;
Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)
mysql> quit
Bye
注意，上面truncate table gi2uniprot花费0.00 sec是因为当时我还没有导入idmapping.tb，即gi2uniprot中还没有数据，所以速度很快。
3）用download_and_install导入数据时，如果出现中断，请参照上面“数据库各文件大小”核对数据文件大小，确认已导入和未导入的数据库，按照“数据库更新”的操作恢复导入过程，切勿简单地重新运行download_and_install。
参考
- Blast2GO安装 http://blog.sciencenet.cn/blog-402211-629228.html
- Blast2GO Documentation http://www.blast2go.com/b2glaunch/resources
- Local Blast2GO Database Installation http://www.blast2go.com/b2glaunch/resources/35-localb2gdb
- 其它无数Google出来的页面
其它
根据b2gPipe.properties文件可以看出，blast2go的不仅能做基本的go注释（本文所安b2g数据库所支持），还能（需要）做GoSlim、Simap Integration等（均需联网），甚至在线blast，这需要运行b2gPipe或者b2gGUI的电脑能链接互联网。那么通过ssh连接服务器做的时候就需要服务器联网，或者通过代理让服务器联网；或者在自己联网的PC上做。
至于，PC远程连接服务器的数据库提示connection time out的情况，请参照前文“导入数据库”的“0) 预防针”部分。
感谢各位的反馈。
-EOF-
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本地Blast2GO安装，及其数据库更新和导入数据中断的解决方案
本文提供改进的本地化Blast2GO自动化安装脚本，以及指导如何更新数据库，并提供导入数据中断的解决方案。对无root权限的用户同样有效，同时指导如何成功运行b2g4pipe和本地Blast2GO图形界面。
——————————————————————————
本人仅安装了此程序，未跑过真实数据，且时间已久，不做任何解答，抱歉
——————————————————————————
由于Blast2GO官方网站提供的Blast2GO数据库安装教程需要用户具有root权限，而其官网上另一自动化安装脚本已过时，会出错，故文本将二者结合，并根据自身经验重新整理。
软件环境
- 操作系统 ：Linux（Centos, Ubuntu, Fedora等），最好有root权限，方便配置mysql。
- 数据库 ：Mysql（或者Mysql的分支MariaDB），要有能创建数据库权限的用户，如果没有，可以参照我另一篇日志在没有Root权限的情况下安装Mysql。
- Java运行环境：一定要Oracle JDK (6、7都行)，不要用OpenJDK，否则无法运行b2g4pipe！可参照我另一篇日志《Linux安装JDK》（内含没root权限时安装方法）。
- Local NCBI-Blast，可参照我另一篇文章《Linux系统中NCBI BLAST+本地化教程》。
注：1. 除非是已经非root安装mysql在有足够磁盘空间的分区（home）下，请一定参照网上的方法把Mysql的数据库目录配置到有足够空间的目录下面！2. 安装oracle jdk，不用卸载openjdk，并切换java到oracle jdk。
sudo /usr/sbin/alternatives --config java
手动准备数据
1) 避免不稳定的网络环境使下载中断，自己用迅雷或者FTP客户端（wget也支持断点续传）下载以下4个文件（一共5.1G）：
- godatabase: http://archive.geneontology.org/latest-full/ 目录下对应的go_XXXX-assocdb-data.gz
- gene_info.gz: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene_info.gz
- gene2accession.gz: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz
- idmapping.tb.gz: ftp://ftp.pir.georgetown.edu/databases/idmapping/idmapping.tb.gz
2) 解压文件。提示：gzip -d解压文件后会删除原来的压缩文件。
gzip -d *.gz
3）下载local_b2g_db.zip文件，并解压。内含创建数据库的b2gdb.sql文件和导入idmapping文件的java程序ImportIdMapping.class及其依赖的库mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar。
为了方便，上述文件都放到同一目录下。解压后文件清单如下：
./: 31.48 GB 2.97 KB ImportIdMapping.class 2.33 KB b2gdb.sql 1.83 KB download_and_install.sh 3.27 GB gene2accession 1.32 GB gene_info 22.37 GB go_201307-assocdb-data 4.51 GB idmapping.tb 528.18 KB mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar
导入数据库
0) 预防针。
b2gdb.sql建立数据库以及用户时，默认只赋予用户（blast2go）在本机（localhost）访问数据库（b2gdb）的权限，如下所示：
GRANT ALL ON b2gdb.* TO 'blast2go'@'localhost' IDENTIFIED BY 'blast4it';
FLUSH PRIVILEGES;如果你今后需要在自己电脑使用服务器的b2g数据库，那么你需要赋予blast2go在任意主机（%）访问数据库的权限，修改如下：
GRANT ALL ON b2gdb.* TO 'blast2go'@'%' IDENTIFIED BY 'blast4it';
FLUSH PRIVILEGES;没这样设置的结果就是，PC远程连接服务器的数据库提示connection time out，即使PC和服务器的防火墙设置无问题，仍然无法连接数据库。那么补救措施就是在服务器登陆mysql（必要时-P指定端口），运行上述两句mysql命令。
1) 配置download_and_install.sh文件：
#!/bin/sh # 配置以下7行 godbname=go_201307-assocdb-data # 根据http://archive.geneontology.org/latest-full/下assocdb-data.gz文件更改 dbname=b2gdb # 数据库 名称，不用改 dbuser=root # 数据库 用户名 dbpass=passwordofroot # 数据库 用户密码 dbhost=localhost # 数据库 所在ip dbport=3306 # 数据库 端口，3306是默认的，如果是无root权限安装的MySQL，一定要改为设置的端口，比如我的33060 path=/home/shenwei/Public/Data/local_b2g # 数据文件目录，注意路径末尾不要有“/” # 如果已经下载数据文件，下列部分保持注释 ### Download the GO database the NCBI mapping files and the PIR mapping # wget http://archive.geneontology.org/latest-full/$godbname.gz # wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene_info.gz # wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz # wget ftp://ftp.pir.georgetown.edu/databases/idmapping/idmapping.tb.gz # 如果已经下载并解压数据文件，下列部分保持注释 ###unzip files # gzip -dv $godbname.gz # gzip -dv gene_info.gz # gzip -dv gene2accession.gz # gzip -dv idmapping.tb.gz echo 1. Create the DB Tables and user mysql -h$dbhost -P$dbport -u$dbuser -p$dbpass < b2gdb.sql ### Import data to the GO Database echo 2. Import $godbname mysql -h$dbhost -P$dbport -u$dbuser -p$dbpass $dbname < $godbname echo 3. Import gene2accession mysql -h$dbhost -P$dbport -u$dbuser -p$dbpass $dbname -e"LOAD DATA LOCAL INFILE '$path"/gene2accession"' INTO TABLE gene2accession FIELDS TERMINATED BY '\t' LINES TERMINATED BY '\n';" echo 4. Import gene_info mysql -h$dbhost -P$dbport -u$dbuser -p$dbpass $dbname -e"LOAD DATA LOCAL INFILE '$path"/gene_info"' INTO TABLE gene_info FIELDS TERMINATED BY '\t' LINES TERMINATED BY '\n';" echo 5. Import idmapping.tb java -cp .:mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar: ImportIdMapping $path/idmapping.tb $dbhost:$dbport $dbname blast2go blast4it echo All data imported.
注意：如果是无root权限安装的MySQL，一定要设置数据库端口为为自己设置的端口，比如我的33060，否则无法导入idmapping.tb。
如果导入数据出现中断，切勿简单地重新运行download_and_install，请参照后面的章节进行操作。
总共导入数据需要约7小时。
数据库各文件大小：
b2gdb/: 74.91 GB 17.59 GB association.MYI 14.82 GB evidence.MYI 6.43 GB evidence_dbxref.MYI 5.91 GB evidence.MYD 3.90 GB association.MYD 3.63 GB dbxref.MYI 3.31 GB gene_product.MYI 2.68 GB gene2accession.MYD 2.37 GB gene_product_count.MYI 2.01 GB gi2uniprot.MYI 1.95 GB gene_product_synonym.MYI 1.67 GB evidence_dbxref.MYD 1.42 GB gene_product.MYD 1.40 GB gene2accession.MYI 1.28 GB gene_info.MYD 1.10 GB gene_product_synonym.MYD 1.10 GB gene_product_count.MYD 894.13 MB gi2uniprot.MYD 636.91 MB dbxref.MYD 349.73 MB gene_info.MYI 224.40 MB species.MYI 156.21 MB graph_path.MYI 55.88 MB species.MYD 23.98 MB graph_path.MYD 16.19 MB term_synonym.MYI 10.71 MB term.MYI 9.58 MB term_dbxref.MYI 7.27 MB term_definition.MYD 5.63 MB term2term.MYI 5.16 MB term_synonym.MYD 3.10 MB term.MYD 2.32 MB term_dbxref.MYD 1.53 MB term2term.MYD 1.08 MB term_definition.MYI 735.00 KB association_qualifier.MYI 419.75 KB association_qualifier.MYD 343.00 KB term_subset.MYI 196.00 KB gene_product_homolset.MYI 111.00 KB term2term_metadata.MYI 87.12 KB term_subset.MYD 82.42 KB gene_product_homolset.MYD 49.76 KB db.MYD 38.00 KB db.MYI 37.67 KB term2term_metadata.MYD 36.00 KB homolset.MYI 35.00 KB association_species_qualifier.MYI 16.73 KB species.frm 14.35 KB homolset.MYD 12.63 KB db.frm 12.60 KB association.frm 12.58 KB graph_path.frm 12.57 KB term.frm 12.56 KB term_synonym.frm 12.54 KB gene_product.frm 12.52 KB dbxref.frm 12.51 KB evidence.frm 11.69 KB association_species_qualifier.MYD 9.06 KB gene_info.frm 8.96 KB gene2accession.frm 8.67 KB relation_properties.frm 8.64 KB source_audit.frm 8.62 KB seq.frm 8.61 KB homolset.frm 8.56 KB gene_product_ancestor.frm 8.54 KB term_definition.frm 8.53 KB instance_data.frm 8.53 KB gene_product_count.frm 8.53 KB term2term.frm 8.51 KB relation_composition.frm 8.50 KB association_property.frm 8.50 KB gene_product_homology.frm 8.49 KB intersection_of.frm 8.49 KB term2term_metadata.frm 8.49 KB phylotree_property.frm 8.48 KB assoc_rel.frm 8.48 KB seq_property.frm 8.47 KB association_qualifier.frm 8.47 KB gene_product_property.frm 8.46 KB gene_product_seq.frm 8.46 KB term_dbxref.frm 8.46 KB term_property.frm 8.45 KB gene_product_phylotree.frm 8.45 KB gene_product_homolset.frm 8.45 KB association_species_qualifier.frm 8.44 KB graph_path2term.frm 8.43 KB gene_product_synonym.frm 8.43 KB association_isoform.frm 8.42 KB phylotree.frm 8.42 KB gene_product_subset.frm 8.42 KB gene_product_dbxref.frm 8.41 KB evidence_dbxref.frm 8.41 KB term_audit.frm 8.40 KB term_subset.frm 8.40 KB seq_dbxref.frm 8.39 KB gi2uniprot.frm 7.00 KB relation_composition.MYI 4.00 KB source_audit.MYI 4.00 KB instance_data.MYI 3.00 KB relation_properties.MYI 2.00 KB seq_property.MYI 2.00 KB gene_product_property.MYI 1.00 KB term_property.MYI 1.00 KB intersection_of.MYI 1.00 KB phylotree.MYI 1.00 KB phylotree_property.MYI 1.00 KB graph_path2term.MYI 1.00 KB seq.MYI 1.00 KB seq_dbxref.MYI 1.00 KB gene_product_homology.MYI 1.00 KB gene_product_subset.MYI 1.00 KB gene_product_seq.MYI 1.00 KB gene_product_phylotree.MYI 1.00 KB gene_product_dbxref.MYI 1.00 KB term_audit.MYI 1.00 KB gene_product_ancestor.MYI 1.00 KB association_property.MYI 1.00 KB association_isoform.MYI 1.00 KB assoc_rel.MYI 289.00 B relation_composition.MYD 196.00 B source_audit.MYD 145.00 B relation_properties.MYD 65.00 B db.opt 24.00 B instance_data.MYD 0.00 B gene_product_dbxref.MYD 0.00 B seq_property.MYD 0.00 B intersection_of.MYD 0.00 B gene_product_ancestor.MYD 0.00 B assoc_rel.MYD 0.00 B association_isoform.MYD 0.00 B term_audit.MYD 0.00 B seq_dbxref.MYD 0.00 B term_property.MYD 0.00 B seq.MYD 0.00 B phylotree.MYD 0.00 B gene_product_seq.MYD 0.00 B graph_path2term.MYD 0.00 B gene_product_property.MYD 0.00 B association_property.MYD 0.00 B gene_product_phylotree.MYD 0.00 B gene_product_subset.MYD 0.00 B gene_product_homology.MYD 0.00 B phylotree_property.MYD
运行官方的例子b2g4pipe
下载 https://blast2go.com/data/blast2go/b2g4pipe_v2.5.zip并解压。配置b2gPipe.properties文件中b2gdb信息：
// GO and B2G Data Access Basic Dbacces.dbname=b2gdb Dbacces.dbhost=localhost:3306 Dbacces.dbuser=blast2go Dbacces.dbpasswd=blast4it
注意
1） 如果是无root权限安装的MySQL，一定要设置数据库端口为为自己设置的端口。
2） 如果是在本地运行，一定要保证服务器的mysql端口（3306）没有被防火墙屏蔽，Dbaccess.dbhost中的IP也要设置成服务器的IP。
进入到b2g4pipe目录,运行自带例子。
sh ./runPipeExample.sh
其内容如下，也可以直接在命令行输入，：
#!/bin/bash # Windows中不要上面这行！！！！！！！！！！！！！ # -Xmx1024M 指定java最大可使用内存，根据情况更改 java -Xmx1024M -cp *:ext/*: es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in 10_BlastResults_2011.xml -out results/myproject -prop b2gPipe.properties -v -annot -dat -img -ips ipsr -annex -goslim -wiki html_template.html # Windows中把冒号改成分号！！！！！！！！！！！！！ # java -Xmx1G-cp *;ext/*; es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in 10_BlastResults_2011.xml -out results/myproject -prop b2gPipe.properties -v -annot -dat -img -ips ipsr -annex -goslim -wiki html_template.html
注意：如果是在windows上运行，要将其中的冒号“:”改为分号“;”，文件名后缀改为.bat，直接双击文件运行。
不到一分钟运行结束。
运行图形界面
在自己的安装了java（安装方法请google，记得设置环境变量PATH、CLASSPATH）的电脑（也可以通过VNC远程连接服务器）上直接运行命令java -cp *:ext/*: es.blast2go.Blast2GO或者，将其写入文件（windows中后缀为.bat，linux为.sh）：
#!/bin/bash # Windows中不要上面这行！！！！！！！！！！！！！ # -Xmx1024M 指定java最大可使用内存，根据情况更改 java -Xmx1024M -cp *:ext/*: es.blast2go.Blast2GO # Windows中把冒号改成分号！！！！！！！！！！！！！ # java -Xmx1024M -cp *;ext/*; es.blast2go.Blast2GO
进入到b2g4pipe目录,运行脚本（windows中直接双击.bat文件）:
sh ./Blast2GO_GUI.sh
进入图形界面后，配置数据库：菜单栏点击“Tools”，最后一个“DB configuration”，更改Host为localhost，DB name为b2gdb，然后点击播放按钮（指向右边的三角形）生效，下次启动程序仍然有效。
注意：如果是无root权限安装的MySQL，Host需要加上自定义的mysql端口，比如192.168.1.2:33060，192.168.1.2为服务器IP。
运行例子：菜单栏File->Import->Import Blast Results->One XML File，导入10_BlastResults_2011.xml，菜单栏Mapping->Run Go Mapping Step即可。运行一分钟左右完成。
数据库更新 ，导入数据中断的解决方案：
1）assocdb-data数据的更新：
下载解压新的assocdb-data文件后，注释download_and_install.sh中其它导入数据的命令，只保留第二步：
### Import data to the GO Database echo 2. Import $godbname mysql -h$dbhost -u$dbuser -p$dbpass $dbname < $godbname
并运行download_and_install.sh。不用担心与旧的数据冲突，它们会被自动删除然后更新。
2）gene2accession、gene_info、idmapping.tb的更新：
由于它们是以导入数据文件的方式导入数据库，需要登陆到数据库中，手动清空对应的原来数据表中的数据：
$ mysql -u root -p
Enter password:
mysql> use b2gdb;
Database changed
mysql> truncate table gene2accession;
Query OK, 0 rows affected (16.67 sec)
mysql> truncate table gene_info;
Query OK, 0 rows affected (2 min 2.49 sec)
mysql> truncate table gi2uniprot;
Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)
mysql> quit
Bye注意，上面truncate table gi2uniprot花费0.00 sec是因为当时我还没有导入idmapping.tb，即gi2uniprot中还没有数据，所以速度很快。
3）用download_and_install导入数据时，如果出现中断，请参照上面“数据库各文件大小”核对数据文件大小，确认已导入和未导入的数据库，按照“数据库更新”的操作恢复导入过程，切勿简单地重新运行download_and_install。
参考
- Blast2GO安装 http://blog.sciencenet.cn/blog-402211-629228.html
- Blast2GO Documentation http://www.blast2go.com/b2glaunch/resources
- Local Blast2GO Database Installation http://www.blast2go.com/b2glaunch/resources/35-localb2gdb
- 其它无数Google出来的页面
其它
根据b2gPipe.properties文件可以看出，blast2go的不仅能做基本的go注释（本文所安b2g数据库所支持），还能（需要）做GoSlim、Simap Integration等（均需联网），甚至在线blast，这需要运行b2gPipe或者b2gGUI的电脑能链接互联网。那么通过ssh连接服务器做的时候就需要服务器联网，或者通过代理让服务器联网；或者在自己联网的PC上做。
至于，PC远程连接服务器的数据库提示connection time out的情况，请参照前文“导入数据库”的“0) 预防针”部分。
感谢各位的反馈。
-EOF-
本地Blast2GO安装，及其数据库更新和导入数据中断的解决方案
本文提供改进的本地化Blast2GO自动化安装脚本，以及指导如何更新数据库，并提供导入数据中断的解决方案。对无root权限的用户同样有效，同时指导如何成功运行b2g4pipe和本地Blast2GO图形界面。
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本人仅安装了此程序，未跑过真实数据，且时间已久，不做任何解答，抱歉
——————————————————————————
由于Blast2GO官方网站提供的Blast2GO数据库安装教程需要用户具有root权限，而其官网上另一自动化安装脚本已过时，会出错，故文本将二者结合，并根据自身经验重新整理。
软件环境
- 操作系统 ：Linux（Centos, Ubuntu, Fedora等），最好有root权限，方便配置mysql。
- 数据库 ：Mysql（或者Mysql的分支MariaDB），要有能创建数据库权限的用户，如果没有，可以参照我另一篇日志在没有Root权限的情况下安装Mysql。
- Java运行环境：一定要Oracle JDK (6、7都行)，不要用OpenJDK，否则无法运行b2g4pipe！可参照我另一篇日志《Linux安装JDK》（内含没root权限时安装方法）。
- Local NCBI-Blast，可参照我另一篇文章《Linux系统中NCBI BLAST+本地化教程》。
注：1. 除非是已经非root安装mysql在有足够磁盘空间的分区（home）下，请一定参照网上的方法把Mysql的数据库目录配置到有足够空间的目录下面！2. 安装oracle jdk，不用卸载openjdk，并切换java到oracle jdk。
sudo /usr/sbin/alternatives --config java
手动准备数据
1) 避免不稳定的网络环境使下载中断，自己用迅雷或者FTP客户端（wget也支持断点续传）下载以下4个文件（一共5.1G）：
- godatabase: http://archive.geneontology.org/latest-full/ 目录下对应的go_XXXX-assocdb-data.gz
- gene_info.gz: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene_info.gz
- gene2accession.gz: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz
- idmapping.tb.gz: ftp://ftp.pir.georgetown.edu/databases/idmapping/idmapping.tb.gz
2) 解压文件。提示：gzip -d解压文件后会删除原来的压缩文件。
gzip -d *.gz
3）下载local_b2g_db.zip文件，并解压。内含创建数据库的b2gdb.sql文件和导入idmapping文件的java程序ImportIdMapping.class及其依赖的库mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar。
为了方便，上述文件都放到同一目录下。解压后文件清单如下：
./: 31.48 GB 2.97 KB ImportIdMapping.class 2.33 KB b2gdb.sql 1.83 KB download_and_install.sh 3.27 GB gene2accession 1.32 GB gene_info 22.37 GB go_201307-assocdb-data 4.51 GB idmapping.tb 528.18 KB mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar
导入数据库
0) 预防针。
b2gdb.sql建立数据库以及用户时，默认只赋予用户（blast2go）在本机（localhost）访问数据库（b2gdb）的权限，如下所示：
GRANT ALL ON b2gdb.* TO 'blast2go'@'localhost' IDENTIFIED BY 'blast4it';
FLUSH PRIVILEGES;如果你今后需要在自己电脑使用服务器的b2g数据库，那么你需要赋予blast2go在任意主机（%）访问数据库的权限，修改如下：
GRANT ALL ON b2gdb.* TO 'blast2go'@'%' IDENTIFIED BY 'blast4it';
FLUSH PRIVILEGES;没这样设置的结果就是，PC远程连接服务器的数据库提示connection time out，即使PC和服务器的防火墙设置无问题，仍然无法连接数据库。那么补救措施就是在服务器登陆mysql（必要时-P指定端口），运行上述两句mysql命令。
1) 配置download_and_install.sh文件：
#!/bin/sh # 配置以下7行 godbname=go_201307-assocdb-data # 根据http://archive.geneontology.org/latest-full/下assocdb-data.gz文件更改 dbname=b2gdb # 数据库 名称，不用改 dbuser=root # 数据库 用户名 dbpass=passwordofroot # 数据库 用户密码 dbhost=localhost # 数据库 所在ip dbport=3306 # 数据库 端口，3306是默认的，如果是无root权限安装的MySQL，一定要改为设置的端口，比如我的33060 path=/home/shenwei/Public/Data/local_b2g # 数据文件目录，注意路径末尾不要有“/” # 如果已经下载数据文件，下列部分保持注释 ### Download the GO database the NCBI mapping files and the PIR mapping # wget http://archive.geneontology.org/latest-full/$godbname.gz # wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene_info.gz # wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz # wget ftp://ftp.pir.georgetown.edu/databases/idmapping/idmapping.tb.gz # 如果已经下载并解压数据文件，下列部分保持注释 ###unzip files # gzip -dv $godbname.gz # gzip -dv gene_info.gz # gzip -dv gene2accession.gz # gzip -dv idmapping.tb.gz echo 1. Create the DB Tables and user mysql -h$dbhost -P$dbport -u$dbuser -p$dbpass < b2gdb.sql ### Import data to the GO Database echo 2. Import $godbname mysql -h$dbhost -P$dbport -u$dbuser -p$dbpass $dbname < $godbname echo 3. Import gene2accession mysql -h$dbhost -P$dbport -u$dbuser -p$dbpass $dbname -e"LOAD DATA LOCAL INFILE '$path"/gene2accession"' INTO TABLE gene2accession FIELDS TERMINATED BY '\t' LINES TERMINATED BY '\n';" echo 4. Import gene_info mysql -h$dbhost -P$dbport -u$dbuser -p$dbpass $dbname -e"LOAD DATA LOCAL INFILE '$path"/gene_info"' INTO TABLE gene_info FIELDS TERMINATED BY '\t' LINES TERMINATED BY '\n';" echo 5. Import idmapping.tb java -cp .:mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar: ImportIdMapping $path/idmapping.tb $dbhost:$dbport $dbname blast2go blast4it echo All data imported.
注意：如果是无root权限安装的MySQL，一定要设置数据库端口为为自己设置的端口，比如我的33060，否则无法导入idmapping.tb。
如果导入数据出现中断，切勿简单地重新运行download_and_install，请参照后面的章节进行操作。
总共导入数据需要约7小时。
数据库各文件大小：
b2gdb/: 74.91 GB 17.59 GB association.MYI 14.82 GB evidence.MYI 6.43 GB evidence_dbxref.MYI 5.91 GB evidence.MYD 3.90 GB association.MYD 3.63 GB dbxref.MYI 3.31 GB gene_product.MYI 2.68 GB gene2accession.MYD 2.37 GB gene_product_count.MYI 2.01 GB gi2uniprot.MYI 1.95 GB gene_product_synonym.MYI 1.67 GB evidence_dbxref.MYD 1.42 GB gene_product.MYD 1.40 GB gene2accession.MYI 1.28 GB gene_info.MYD 1.10 GB gene_product_synonym.MYD 1.10 GB gene_product_count.MYD 894.13 MB gi2uniprot.MYD 636.91 MB dbxref.MYD 349.73 MB gene_info.MYI 224.40 MB species.MYI 156.21 MB graph_path.MYI 55.88 MB species.MYD 23.98 MB graph_path.MYD 16.19 MB term_synonym.MYI 10.71 MB term.MYI 9.58 MB term_dbxref.MYI 7.27 MB term_definition.MYD 5.63 MB term2term.MYI 5.16 MB term_synonym.MYD 3.10 MB term.MYD 2.32 MB term_dbxref.MYD 1.53 MB term2term.MYD 1.08 MB term_definition.MYI 735.00 KB association_qualifier.MYI 419.75 KB association_qualifier.MYD 343.00 KB term_subset.MYI 196.00 KB gene_product_homolset.MYI 111.00 KB term2term_metadata.MYI 87.12 KB term_subset.MYD 82.42 KB gene_product_homolset.MYD 49.76 KB db.MYD 38.00 KB db.MYI 37.67 KB term2term_metadata.MYD 36.00 KB homolset.MYI 35.00 KB association_species_qualifier.MYI 16.73 KB species.frm 14.35 KB homolset.MYD 12.63 KB db.frm 12.60 KB association.frm 12.58 KB graph_path.frm 12.57 KB term.frm 12.56 KB term_synonym.frm 12.54 KB gene_product.frm 12.52 KB dbxref.frm 12.51 KB evidence.frm 11.69 KB association_species_qualifier.MYD 9.06 KB gene_info.frm 8.96 KB gene2accession.frm 8.67 KB relation_properties.frm 8.64 KB source_audit.frm 8.62 KB seq.frm 8.61 KB homolset.frm 8.56 KB gene_product_ancestor.frm 8.54 KB term_definition.frm 8.53 KB instance_data.frm 8.53 KB gene_product_count.frm 8.53 KB term2term.frm 8.51 KB relation_composition.frm 8.50 KB association_property.frm 8.50 KB gene_product_homology.frm 8.49 KB intersection_of.frm 8.49 KB term2term_metadata.frm 8.49 KB phylotree_property.frm 8.48 KB assoc_rel.frm 8.48 KB seq_property.frm 8.47 KB association_qualifier.frm 8.47 KB gene_product_property.frm 8.46 KB gene_product_seq.frm 8.46 KB term_dbxref.frm 8.46 KB term_property.frm 8.45 KB gene_product_phylotree.frm 8.45 KB gene_product_homolset.frm 8.45 KB association_species_qualifier.frm 8.44 KB graph_path2term.frm 8.43 KB gene_product_synonym.frm 8.43 KB association_isoform.frm 8.42 KB phylotree.frm 8.42 KB gene_product_subset.frm 8.42 KB gene_product_dbxref.frm 8.41 KB evidence_dbxref.frm 8.41 KB term_audit.frm 8.40 KB term_subset.frm 8.40 KB seq_dbxref.frm 8.39 KB gi2uniprot.frm 7.00 KB relation_composition.MYI 4.00 KB source_audit.MYI 4.00 KB instance_data.MYI 3.00 KB relation_properties.MYI 2.00 KB seq_property.MYI 2.00 KB gene_product_property.MYI 1.00 KB term_property.MYI 1.00 KB intersection_of.MYI 1.00 KB phylotree.MYI 1.00 KB phylotree_property.MYI 1.00 KB graph_path2term.MYI 1.00 KB seq.MYI 1.00 KB seq_dbxref.MYI 1.00 KB gene_product_homology.MYI 1.00 KB gene_product_subset.MYI 1.00 KB gene_product_seq.MYI 1.00 KB gene_product_phylotree.MYI 1.00 KB gene_product_dbxref.MYI 1.00 KB term_audit.MYI 1.00 KB gene_product_ancestor.MYI 1.00 KB association_property.MYI 1.00 KB association_isoform.MYI 1.00 KB assoc_rel.MYI 289.00 B relation_composition.MYD 196.00 B source_audit.MYD 145.00 B relation_properties.MYD 65.00 B db.opt 24.00 B instance_data.MYD 0.00 B gene_product_dbxref.MYD 0.00 B seq_property.MYD 0.00 B intersection_of.MYD 0.00 B gene_product_ancestor.MYD 0.00 B assoc_rel.MYD 0.00 B association_isoform.MYD 0.00 B term_audit.MYD 0.00 B seq_dbxref.MYD 0.00 B term_property.MYD 0.00 B seq.MYD 0.00 B phylotree.MYD 0.00 B gene_product_seq.MYD 0.00 B graph_path2term.MYD 0.00 B gene_product_property.MYD 0.00 B association_property.MYD 0.00 B gene_product_phylotree.MYD 0.00 B gene_product_subset.MYD 0.00 B gene_product_homology.MYD 0.00 B phylotree_property.MYD
运行官方的例子b2g4pipe
下载 https://blast2go.com/data/blast2go/b2g4pipe_v2.5.zip并解压。配置b2gPipe.properties文件中b2gdb信息：
// GO and B2G Data Access Basic Dbacces.dbname=b2gdb Dbacces.dbhost=localhost:3306 Dbacces.dbuser=blast2go Dbacces.dbpasswd=blast4it
注意
1） 如果是无root权限安装的MySQL，一定要设置数据库端口为为自己设置的端口。
2） 如果是在本地运行，一定要保证服务器的mysql端口（3306）没有被防火墙屏蔽，Dbaccess.dbhost中的IP也要设置成服务器的IP。
进入到b2g4pipe目录,运行自带例子。
sh ./runPipeExample.sh
其内容如下，也可以直接在命令行输入，：
#!/bin/bash # Windows中不要上面这行！！！！！！！！！！！！！ # -Xmx1024M 指定java最大可使用内存，根据情况更改 java -Xmx1024M -cp *:ext/*: es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in 10_BlastResults_2011.xml -out results/myproject -prop b2gPipe.properties -v -annot -dat -img -ips ipsr -annex -goslim -wiki html_template.html # Windows中把冒号改成分号！！！！！！！！！！！！！ # java -Xmx1G-cp *;ext/*; es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in 10_BlastResults_2011.xml -out results/myproject -prop b2gPipe.properties -v -annot -dat -img -ips ipsr -annex -goslim -wiki html_template.html
注意：如果是在windows上运行，要将其中的冒号“:”改为分号“;”，文件名后缀改为.bat，直接双击文件运行。
不到一分钟运行结束。
运行图形界面
在自己的安装了java（安装方法请google，记得设置环境变量PATH、CLASSPATH）的电脑（也可以通过VNC远程连接服务器）上直接运行命令java -cp *:ext/*: es.blast2go.Blast2GO或者，将其写入文件（windows中后缀为.bat，linux为.sh）：
#!/bin/bash # Windows中不要上面这行！！！！！！！！！！！！！ # -Xmx1024M 指定java最大可使用内存，根据情况更改 java -Xmx1024M -cp *:ext/*: es.blast2go.Blast2GO # Windows中把冒号改成分号！！！！！！！！！！！！！ # java -Xmx1024M -cp *;ext/*; es.blast2go.Blast2GO
进入到b2g4pipe目录,运行脚本（windows中直接双击.bat文件）:
sh ./Blast2GO_GUI.sh
进入图形界面后，配置数据库：菜单栏点击“Tools”，最后一个“DB configuration”，更改Host为localhost，DB name为b2gdb，然后点击播放按钮（指向右边的三角形）生效，下次启动程序仍然有效。
注意：如果是无root权限安装的MySQL，Host需要加上自定义的mysql端口，比如192.168.1.2:33060，192.168.1.2为服务器IP。
运行例子：菜单栏File->Import->Import Blast Results->One XML File，导入10_BlastResults_2011.xml，菜单栏Mapping->Run Go Mapping Step即可。运行一分钟左右完成。
数据库更新 ，导入数据中断的解决方案：
1）assocdb-data数据的更新：
下载解压新的assocdb-data文件后，注释download_and_install.sh中其它导入数据的命令，只保留第二步：
### Import data to the GO Database echo 2. Import $godbname mysql -h$dbhost -u$dbuser -p$dbpass $dbname < $godbname
并运行download_and_install.sh。不用担心与旧的数据冲突，它们会被自动删除然后更新。
2）gene2accession、gene_info、idmapping.tb的更新：
由于它们是以导入数据文件的方式导入数据库，需要登陆到数据库中，手动清空对应的原来数据表中的数据：
$ mysql -u root -p
Enter password:
mysql> use b2gdb;
Database changed
mysql> truncate table gene2accession;
Query OK, 0 rows affected (16.67 sec)
mysql> truncate table gene_info;
Query OK, 0 rows affected (2 min 2.49 sec)
mysql> truncate table gi2uniprot;
Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)
mysql> quit
Bye注意，上面truncate table gi2uniprot花费0.00 sec是因为当时我还没有导入idmapping.tb，即gi2uniprot中还没有数据，所以速度很快。
3）用download_and_install导入数据时，如果出现中断，请参照上面“数据库各文件大小”核对数据文件大小，确认已导入和未导入的数据库，按照“数据库更新”的操作恢复导入过程，切勿简单地重新运行download_and_install。
参考
- Blast2GO安装 http://blog.sciencenet.cn/blog-402211-629228.html
- Blast2GO Documentation http://www.blast2go.com/b2glaunch/resources
- Local Blast2GO Database Installation http://www.blast2go.com/b2glaunch/resources/35-localb2gdb
- 其它无数Google出来的页面
其它
根据b2gPipe.properties文件可以看出，blast2go的不仅能做基本的go注释（本文所安b2g数据库所支持），还能（需要）做GoSlim、Simap Integration等（均需联网），甚至在线blast，这需要运行b2gPipe或者b2gGUI的电脑能链接互联网。那么通过ssh连接服务器做的时候就需要服务器联网，或者通过代理让服务器联网；或者在自己联网的PC上做。
至于，PC远程连接服务器的数据库提示connection time out的情况，请参照前文“导入数据库”的“0) 预防针”部分。
感谢各位的反馈。
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