linux中安装manta和speedseq

在linux中安装manta和speedseq软件，在github上搜索安装教程。

注意，这两个软件必须是python2，如果系统默认是python3的话，安装会失败，而且一直报错，无法解决，即使用conda安装也不行。

建议：新建一个python2.7的conda环境，在这个环境下安装

安装manta

conda create -n python2.7 python=2.7
conda activate python2.7
#centos的需要下载下面这个
wget https://github.com/Illumina/manta/releases/download/v1.6.0/manta-1.6.0.centos6_x86_64.tar.bz2
#解压
tar -xjf  manta-1.6.0.centos6_x86_64.tar.bz2
cd ~/software/manta-1.6.0.centos6_x86_64/bin
python2 runMantaWorkflowDemo.py
#成功

安装speedseq

git clone --recursive https://github.com/hall-lab/speedseq
cd speedseq
make
cd example
bash ./run_speedseq.sh