WES分析1-外显子测序

外显子测序

外显子（人类基因组的蛋白质编码区）占基因组的不到2%，但含有约85%的已知疾病相关变异体。

外显子测序原理

针对外显子序列设计捕获探针，与外显子DNA序列相互补。

探针上标记有生物素。

基因组DNA进行超声打断，与捕获探针杂交。

利用探针上生物素与带有链霉亲和素的磁珠结合，通过富集磁珠间接地获得全外显子测序文库。

外显子测序中4种无效数据

• 外显子捕获过程中，外显子序列与探针杂交不精确（目标序列有同源序列）。

• 外显子捕获些序列一部分在目标区域，另一部分是紧挨目标区域的邻近序列。

• duplication, 建库过程中，PCR扩增出相同的序列，判读依据：5‘到3’序列相同。duplication会随着测序深度增加而增加。

• 双端测序，overlap。

外显子测序优点

• 比较容易达到深度测序。
• 可发现常见变异和低频突变(low allele frequency)。
• 是全基因组测序的一种经济有效的替代方案。
• 测序数据易于分析。

外显子测序缺点

• 对基因组结构突变SV 不敏感：外显子占基因组的比例比较小1%~2%。
• 对拷贝数变异CNV不敏感：外显子捕获过程中，含有很高的偶然性。

肿瘤基因测序分析中，用全基因组测序来找SV和CNV变异，外显子测序来找SNP和indel。