服务器版本:Ubuntu 18.04.6 LTS
Orthanc版本:1.9.7
看官方手册,官方在Ubuntu/Debian系统源提供了预编译好的安装包,本来根据手册文档,使用 apt-get install
命令进行Orthanc安装,在后面安装 orthanc-mysql
插件的时候,发现在Ubuntu18中没有提供与编译好的 orthanc-mysql
插件,只有在20版之后的Ubuntu才有提供,所有就索性自己下载源码包编译安装。
在官网https://www.orthanc-server.com/download.php下载源码包Orthanc-1.9.7.tar.gz,将其放在自定义系统目录中,如下:
# 创建系统目录,将源码包放置在改目录下
mkdir -p /data/orthanc
# 将源码包解压到当前目录下
cd /data/orthanc
tar -zxvf Orthanc-1.9.7.tar.gz
为系统安装依赖环境,为后续编译安装做准备:
# 更新安装包
sudo apt-get update
# 安装依赖
sudo apt-get install build-essential unzip cmake mercurial patch \
uuid-dev libcurl4-openssl-dev liblua5.3-dev \
libgtest-dev libpng-dev libsqlite3-dev libssl-dev \
zlib1g-dev libdcmtk-dev libjpeg-dev python \
libboost-all-dev libwrap0-dev \
libcharls-dev libjsoncpp-dev libpugixml-dev locales
创建一个单独的目录存放编译文件,注意:编译目录和源码目录不要是同一个,否则会导致后面出错,需重新编译:
# 创建编译目录
mkdir -p /data/orthanc/Build
# 进入编译目录进行编译
cd /data/orthanc/Build
cmake -DALLOW_DOWNLOADS=ON \
-DUSE_GOOGLE_TEST_DEBIAN_PACKAGE=ON \
-DUSE_SYSTEM_CIVETWEB=OFF \
-DDCMTK_LIBRARIES=dcmjpls \
-DCMAKE_BUILD_TYPE=Release \
/data/orthanc/Orthanc-1.9.7/OrthancServer/
make
在官网https://www.orthanc-server.com/browse.php?path=/plugin-dicom-web下载插件源码包OrthancDicomWeb-1.7.tar.gz,将其放在前面步骤创建的 /data/orthanc
目录中,创建存放插件文件夹:
# 创建插件文件夹
mkdir -p /data/orthanc/plugins
# 解压源码包道心创建的文件夹中
cd /data/orthanc
tar -zxvf OrthancDicomWeb-1.7.tar.gz -C ./plugins
解压完成后,进入解压完成的目录,直接在源码文件夹内进行编译:
cd /data/orthanc/plugins/OrthancDicomWeb-1.7/
cmake -DSTATIC_BUILD=ON -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release
make
编译完成后,可在编译的目录中看见插件文件 libOrthancDicomWeb.so
,记住该文件路径,后面启动Orthanc需要将该插件路径配置到配置文件中:
/data/orthanc/plugins/OrthancDicomWeb-1.7/libOrthancDicomWeb.so
在官网https://www.orthanc-server.com/browse.php?path=/plugin-mysql下载插件源码包OrthancMySQL-4.3.tar.gz,将其放在前面步骤创建的 /data/orthanc
目录中,进入目录,将其解压到插件目录中:
cd /data/orthanc
tar -zxvf OrthancMySQL-4.3.tar.gz -C ./plugins
解压完成,进入解压目录进行编译,同DICOMWeb插件一致,直接在源码目录中编译即可:
cd /data/orthanc/plugins/OrthancMySQL-4.3/MySQL/
cmake -DSTATIC_BUILD=ON -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release
make
根据官网文件介绍,编译完成后会生成两个插件文件 libOrthancMySQLIndex.so
和 libOrthancMySQLStorage.so
两个插件文件:
libOrthancMySQLIndex.so
作用:将dicom文件的元数据存储到MySQL中,主要用于检索。
libOrthancMySQLStorage.so
作用:将dicom文件的文件数据存到MySQL中。
但是,我编译之后只看到了 libOrthancMySQLIndex.so
插件,没有libOrthancMySQLStorage.so
插件,可能是新版本官方移除了,但是手册没有更新。安装MySQL插件的目的是将元数据存放到mysql中,但是dicom文件还是使用服务器的文件系统,所以问题不大。同样记录 libOrthancMySQLIndex.so
的路径:
/data/orthanc/plugins/OrthancMySQL-4.3/MySQL/libOrthancMySQLIndex.so
进入 /data/orthanc/Orthanc-1.9.7/OrthancServer/Resources
目录,目录下有个配置文件 Configuration.json
,修改配置文件,注意下面几项内容即可:
// 服务名称
"Name" : "MyOrthanc"
// dicom文件存储路径
"StorageDirectory" : "/data/orthanc/storage",
// 索引数据库存储路径
"IndexDirectory" : "/data/orthanc/index",
// 插件配置
"Plugins" : [
"/data/orthanc/plugins/OrthancDicomWeb-1.7/libOrthancDicomWeb.so",
"/data/orthanc/plugins/OrthancMySQL-4.3/MySQL/libOrthancMySQLIndex.so"
],
// OrthancDicomWeb插件配置
"DicomWeb" : {
"Enable" : true, // Whether DICOMweb support is enabled
"Root" : "/dicom-web/", // Root URI of the DICOMweb API (for QIDO-RS, STOW-RS and WADO-RS)
"EnableWado" : true, // Whether WADO-URI (previously known as WADO) support is enabled
"WadoRoot" : "/wado", // Root URI of the WADO-URI (aka. WADO) API
"Ssl" : false, // Whether HTTPS should be used for subsequent WADO-RS requests
"QidoCaseSensitive" : true,
"StudiesMetadata" : "Full",
"SeriesMetadata" : "Full",
"StowMaxInstances" : 10, // For STOW-RS client, the maximum number of instances in one single HTTP query (0 = no limit)
"StowMaxSize" : 10, // For STOW-RS client, the maximum size of the body in one single HTTP query (in MB, 0 = no limit)
"QidoCaseSensitive" : true // For QIDO-RS server, whether search is case sensitive (since release 0.5)
},
//Mysql插件配置
"MySQL" : {
"EnableIndex" : true, //使用mysql存储文件索引
"EnableStorage" : false, //使用mysql存储dicom文件
"Host" : "localhost", // For TCP connections (notably Windows)
"Port" : 3306, // For TCP connections (notably Windows)
"UnixSocket" : "", // For UNIX on localhost, Linux set to blank
"Database" : "orthanc",
"Username" : "root",
"Password" : "root",
"Lock" : false, // 单个orthanc server独占数据库,如果使用多个orthanc server共享mysql数据库,必须关闭
"EnableSsl" : false
},
// 允许远程访问
"RemoteAccessAllowed" : true,
// 配置访问用户名和密码
"RegisteredUsers" : {
"orthanc" : "orthanc"
},
在本机安装好MySQL数据库,进入数据库控制台创建数据库:
mysql -uroot -proot
# 创建数据库
CREATE DATABASE `orthanc` CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci;
# 开启Mysql超长索引字段
show variables like 'innodb_large_prefix';
set global innodb_large_prefix=1;
show variables like 'innodb_file_format';
SET GLOBAL innodb_file_format=BARRACUDA;
set global innodb_file_format_max=BARRACUDA;
创建目录文件夹:
# 创建dicom文件存储目录
mkdir -p /data/orthanc/storage
# 创建索引数据库存储目录
mkdir -p /data/orthanc/index
# 创建日志目录
mkdir -p /data/orthanc/logs
# 启动
cd /data/orthanc/Build
./Orthanc /data/orthanc/Orthanc-1.9.7/OrthancServer/Resources/Configuration.json > /data/orthanc/logs/orthanc.log 2>&1 &
s
# 关闭
./Orthanc stop
kill pid
访问 Orthanc Explorer http://localhost:8042/app/explorer.html 通过在配置文件中注册的用户名和密码进行认证。
通过http接口存储:
# Basic 是“用户名:密码”的Base64编码
curl -X POST http://localhost:8042/instances --data-binary @IM0 -H "Authorization: Basic b3J0aGFuYzpvcnRoYW5j"
通过C-Store存储:
# 下载dcm4che-tool工具包,用storescu发送
storescu -c MyOrthanc@localhost:4242 文件路径
对接Viewer时,需要关注下面几点配置:
"name": "MyOrthanc",
"wadoUriRoot": "http://localhost:8042/wado",
"qidoRoot": "http://localhost:8042/dicom-web",
"wadoRoot": "http://localhost:8042/dicom-web",
在官网https://www.orthanc-server.com/browse.php?path=/plugin-python下载插件源码包OrthancPython-3.4.tar.gz,将其放在前面步骤创建的 /data/orthanc
目录中,进入目录,将其解压到插件目录中:
cd /data/orthanc
tar -zxvf OrthancPython-3.4.tar.gz -C ./plugins
解压完成,进入解压目录进行,在解压目录下创建单独的编译目录:
cd /data/orthanc/plugins/OrthancPython-3.4
# 创建编译目录
mkdir Build
# 编译之前,需要安装Python3.7依赖
# 更新安装包
sudo apt-get update
sudo apt-get install libpython3.7-dev
sudo apt-get install python3.7
# 进行插件编译
cd ./Build
cmake .. -DPYTHON_VERSION=3.7 -DSTATIC_BUILD=ON -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release
make
编译完成后,在编译目录存在编译后的文件 libOrthancPython.so
, 记录该文件的位置,后面使用需要配置到Orthanc的配置文件中:
{
"Plugins" : [ "/data/orthanc/plugins/OrthancPython-3.4/Build/libOrthancPython.so" ],
"PythonScript" : "rest.py",
"PythonVerbose" : false,
}
Python插件提供了丰富的回调函数,我们可以通过注册回调函数,进行认证等操作,详情请见官方手册https://book.orthanc-server.com/plugins/python.html
# Orthanc
location ^~ /orthanc/ {
proxy_pass http://127.0.0.1:8042;
proxy_set_header HOST $host;
proxy_set_header X-Real-IP $remote_addr;
rewrite /orthanc(.*) $1 break;
add_header 'Access-Control-Allow-Credentials' 'true';
add_header 'Access-Control-Allow-Headers' 'DNT,X-CustomHeader,Keep-Alive,User-Agent,X-Requested-With,If-Modified-Since,Cache-Control,Content-Type';
add_header 'Access-Control-Allow-Methods' 'GET, POST, OPTIONS';
add_header 'Access-Control-Allow-Origin' '*';
}