R语言包_knitr

可重复性试验

科学研究中，可重复性相当重要，即结果能够被复现。
knitr之前，学者们通常通过简单的图片和文字组合交流信息，这种方式效率极低，一方面不利于相互的理解交流，另一方便不利于修改。

knitr的出现，使可重复性试验更简易。

code chunk

knitr的核心思想是：文档内容根据不同的类型，使用不同的界定符，被拆分为不同的部分。

knitr可以把r代码嵌入到rmarkdown和latex中，然后编译成html等文档。

html和markdown

html极为笨重，md相对简洁，并且可以很容易地转化为html。

r markdown

图片输出到html，使用svg比默认的png效果更好。

```{r bunch_o_figs_svg, fig.height=4, fig.width=8, dev='svg'}
n <- 100
x <- rnorm(n)
par(mfrow=c(1,2), las=1)
for(i in 1:8) {
  y <- i*x + rnorm(n)
  plot(x, y, main=i)
}
 ```

尽力避免table，使用图形去解释。
在matrix和df的情况下，可以使用table。

```{r kable}
n <- 100
x <- rnorm(n)
y <- 2*x + rnorm(n)
out <- lm(y ~ x)
library(knitr)
kable(summary(out)$coef, digits=2)
 ```

注意添加自己的信息

```{r session_info, include=TRUE, echo=TRUE, results='markup'}
devtools::session_info()
 ```

make

创造可重复流程时，通常使用GNU-MAKE编译，联合bibtex，latex，r中的内容。

参考资料

kbroman的博客