用LaTeX和KnitR自动生成报告
扩展名为.Rnw(Rtex)的文件就是包含了R代码的LaTeX文档。编译的时候，先用Rscript调用Knitr处理，生成.TeX文档，然后用pdfLaTeX/XeLaTeX编译成PDF。
最方便的编译.Rnw文档的工具是使用RStudio！(TeXStudio/SublimeText/VSC都比较慢)，TeXStudio(2.12.16)最适合编写.Rnw文档
谢益辉为LyX制作了可用Knitr的模板，使用也十分方便。
Knitr主页：https://yihui.name/knitr/
Knitr示例：https://yihui.name/knitr/demos/
编辑器配置：https://yihui.name/knitr/demo/editors/
下面结合一些工具说明Knitr的使用方法。在TeXStudio/ST/VSC中编辑，在RStudio编译！
使用RStudio
- 安装某个LaTeX发行版，如TeXLive(https://tug.org/texlive/acquire.html)
- 安装R(https://r-project.org)，并安装KnitR包
install.packages('knitr') - 安装RStudio Desktop(https://rstudio.com/)
- 启动RStudio，点击“Tools-Global setting: Sweave”:
- Wave Rnw files using “Knitr”
- Typeset LaTeX into PDF using “pdfLaTeX”(中文选用"XeLaTeX")
- 新建Rnw文件：“File-New File-R Sweave”，在文档区输入
保存文件为test.rnw。扩展名必须为.rnw！<<>>= plot(rnorm(100),type='l') @ - 点击"Compile PDF"，生成PDF文档。
RStudio的优点：方便的编译环境；R代码自动提示；样式比较漂亮。
不足：没有LaTeX自动补全、提示。
上面步骤1、2是必须的。
使用 TeXStudio
- "Options-Config-Build:user Commands"添加命令
Knitr:Knitr，命令为
Rscript -e "library(knitr); knit('%.Rnw')"|xelatex -synctex=1 -shell-escape -interaction=nonstopmode %.tex | txs:///view-pdf
或
Rscript -e "library(knitr); knit('%.Rnw')" | txs:///xelatex | txs:///xelatex | txs:///view-pdf
如果有参考文献，用如下命令：
Rscript -e "library(knitr); knit('%.Rnw')"|xelatex %.tex |bibtex %|xelatex -synctex=1 -shell-escape -interaction=nonstopmode %.tex | txs:///view-pdf
或
Rscript -e "library(knitr); knit('%.Rnw')" | txs:///xelatex | txs:///bibtex | txs:///xelatex | txs:///view-pdf - 文件扩展名必须为.rnw！
- "Tools - user:Knitr"编译文件(要定义快捷键！)。
TeXStudio(2.12.16)的优点：方便的编译环击；LaTeX提示、自动补全；样式比较漂亮。
不足：没有R代码自动提示补全。感觉是最好的.Rnw的编辑/译器
编译问题
设置后，编译总是先调用pdflatex，然后才是rscript？？
如果用knit2pdf替换knit，XeLaTeX编译时总提示："tlmgr search --file --global “/article.cls”，然后寻找文件或安装(导致速度慢)。
TeXStudio的配色：https://tex.stackexchange.com/questions/108315/how-can-i-set-a-dark-theme-in-texstudio
TeXStudio的配置文件为\config\teXStudio.ini，配色部分位于[formats]段
使用配色
- 打开TeXStudio，“Options > Save profile”，保存为
user-default.txsprofile - 再执行上面操作，保存为
custom-dark1.txsprofile - 打开
custom-dark1.txsprofile，并找到[formats]段(在最后)，会看到[formats] version=1.0 - 将其他的配色设置复制粘贴到其后，保存。
- TeXStudio中执行：“Options > Load profile”，找到保存的
custom-dark1.txsprofile，确定。 - 关闭并重启TeXStudio，打开一个文件，就能看到配色生效。
PS：以前都是将配色设置复制到teXstudio.ini后的[formats]段。
使用Sublime Text 3
- 安装
Knitr插件(以及R-box, senttextplus, latexing/latextools) - 文件扩展名必须为.Rnw或.Rmd！(是大写的R)
能识别.Rnw的样式。
“set syntax:latexing(knitr)” 或 latex后，按LaTeX/R文档处理，有自动完成、提示。
VS code
LaTeX workshop 8.4.2增加了.rnw格式的支持，ctrl+shift+p“change language mode”中选R Sweave(也支持R markdown)。
settings.json的对应位置添加如下设置：
"latex-workshop.latex.recipes": [
{
"name": "Knitr",
"tools": [
"Rscript",
"xelatex"
]
},
{
"name": "Knitr (biblatex)",
"tools": [
"Rscript",
"xelatex",
"biblatex",
"xelatex"
]
}
],
"latex-workshop.latex.tools":[
{
"name": "Rscript",
"command": "Rscript",
"args": [
"-e",
"library(knitr); knit('%DOC%')",
],
"env": {}
}
],
%DOC%应该只是文件名，%DOCFILE%才是带扩展名的全名！但此处的调用中，%DOC%是全名。
使用LyX
直接使用模板即可。
以前常用LyX，后来发现还是不用这种可视化的比较好些，现在基本使用VS code编辑LaTeX。
示例文档
%最小的例子实现Latex-Knitr
%在Rstudio中，新建Rsweave文件并保存为.rnw
%complile PDF
% https://texblog.org/2013/08/20/rknitr-automatic-bibliography-generation-with-biblatex-in-rstudio/
\documentclass{article}
\usepackage{hyperref}
\usepackage[backend=bibtex, sorting=none]{biblatex}
\bibliography{references}
\begin{filecontents*}{references.bib}
@Manual{knitr2013,
title = {knitr: A general-purpose package for dynamic report
generation in R},
author = {Yihui Xie},
year = {2013},
note = {R package version 1.4.1},
url = {http://yihui.name/knitr/},
}
\end{filecontents*}
\begin{document}
\section*{Automatic biblatex bibliography generation in RStudio using knitr}
<<setup, include=FALSE, cache=FALSE, echo=FALSE>>=
opts_chunk$set(fig.path='figures/plots-', fig.align='center', fig.show='hold', eval=TRUE, echo=TRUE)
options(replace.assign=TRUE,width=80)
Sys.setenv(TEXINPUTS=getwd(),
BIBINPUTS=getwd(),
BSTINPUTS=getwd())
@
<<sample-data-hist-and-box, out.width='0.48\\textwidth'>>=
sampleData <- rnorm(1000, 0,1)
hist(sampleData)
boxplot(sampleData)
@
This document was produced in RStudio using the knitr package \cite{knitr2013} by \url{http://texblog.org}.
\printbibliography
\end{document}