vcf文件（gatk输出）解读-depth

gatk产生的vcf文件中有两个DP（depth）条目，其中INFO栏的DP表示没有经过filter的涵盖该位点的reads数目，而FORMAT栏中的DP是经过filter的。

原则上FORMAT栏的AD（allele depth）的加和等于DP。但由于有些reads该位点难以判断碱基类型，被标记为uninformative位点，因此未被计入AD计数中，导致AD之和小于DP。

具体原理参考gatk官方团队解答：

Allele Depth (AD) is lower than expected