我正在使用RPostgreSQL连接到本地数据库 . 该设置在我的Linux机器上运行正常 . R 2.11.1,Postgres 8.4 .
我使用多核(doMC)并行后端玩'foreach'来包装一些重复查询(编号为几千)并将结果附加到数据结构中 . 奇怪的是,如果我使用%do%但是当我切换到%dopar%时会失败,只有一次迭代时会出现异常(如下所示)
我想知道它是否与单个连接对象有关,所以我创建了10个连接对象,并且取决于我是什么,为该查询给出了某个con对象,具体取决于i modulo 10.(仅在下面表示2个连接对象) . 被评估的表达式eval(expr.01),包含/是取决于'i'的查询 .
我无法理解这些特定的错误消息 . 我想知道是否有任何方法可以使这项工作 .
谢谢 .
Vishal Belsare
R片段如下:
> id.qed2.foreach
+ if (i %% 2 == 0) {con
+ if (i %% 2 == 1) {con
+ fetch(dbSendQuery(con,eval(expr.01)),n=-1)$idreuters};
> id.qed2.foreach
[[1]]
[1] 411 414 2140 2406 4490 4507 4519 4570 4571 4572 4703 4731
[109] 48765 84312 91797
> id.qed2.foreach
+ if (i %% 2 == 0) {con
+ if (i %% 2 == 1) {con
+ fetch(dbSendQuery(con,eval(expr.01)),n=-1)$idreuters};
Error in stop(paste("expired", class(con))) :
no function to return from, jumping to top level
Error in stop(paste("expired", class(con))) :
no function to return from, jumping to top level
Error in { :
task 1 failed - "error in evaluating the argument 'res' in selecting a method for function 'fetch'"
>
编辑:我改变了一些东西,(仍然不成功),但有一些事情被曝光 . 在循环中创建的连接对象并未通过dbDisconnect“断开连接”,导致挂起连接,如Postgres的/ var / log所示 . 我这样做时会出现一些新的错误消息:
> system.time(
+ id.qed2.foreach
.packages=c("DBI", "RPostgreSQL")) %dopar% {drv0
con0
list(idreuters=fetch(dbSendQuery(con0,eval(expr.01)),n=-1)$idreuters);
dbDisconnect(con0)})
Error in postgresqlExecStatement(conn, statement, ...) :
no function to return from, jumping to top level
Error in postgresqlExecStatement(conn, statement, ...) :
no function to return from, jumping to top level
Error in postgresqlExecStatement(conn, statement, ...) :
no function to return from, jumping to top level
Error in { :
task 1 failed - "error in evaluating the argument 'res' in selecting a method for function 'fetch'"