今天在HPC上跑一个benchmark的方法,这个方法是利用conda env create -f environment.yml创建虚拟环境,然后我想在这个环境里面安装R环境conda install r,但是报错:Found conflicts! Looking for incompatible packages. This can take several minutes. Press CTRL-C to abort. 我一开始是使用命令:
conda update --all
虽然说可以安装R环境了,但是原本可以跑的代码因为包的更新,而疯狂报错,烦死我了,我急中生智,直接在脚本中更换有R环境的虚拟环境不就好了,不需要安装R环境了,脚本如下:
#!/bin/bash
#SBATCH --gres=gpu:2
for ((i=1;i<=20;i++))
do
source activate py3.8_R4
Rscript SNARE_cellline_p.R
source activate babel
python bin/predict_model.py
python bin/predict_model.py
echo "第 $i 次循环"
done