geo getgeo下载表达矩阵 选择p值 geo2r

getwd()
setwd("G:/silicosis/geo/GSE103548_rna-seq_llc_mle-12/GSE163224_a549_contact_esophil/")

library(GEOquery)

f='GSE163224_eSet.Rdata'
if(!file.exists(f)){
  gset <- getGEO('GSE163224', destdir=".",
                 AnnotGPL = F,     ## 注释文件
                 getGPL = F)       ## 平台文件
  save(gset,file=f)   ## 保存到本地
}

getwd()
load('GSE163224_eSet.Rdata')  ## 载入数据
class(gset)  #查看数据类型
length(gset)  #
class(gset[[1]])
gset
exprs(gset[[1]])
gset[[1]]


a=exprs(gset[[1]])
head(a)
a['220570_at',]
a[rownames(a)=='220570_at',]
library(dplyr)
myexpression=as.data.frame(a)
head(myexpression)
myexpression$probe_id=rownames(myexpression)#将行名转化为列名方便合并
head(myexpression)


##下载p值为1的geo2r  获取探针和基因的对应关系
input=read.table("G:\\silicosis\\geo\\GSE103548_rna-seq_llc_mle-12\\GSE163224_a549_contact_esophil\\GSE163224.top.table.tsv",
                 header = T,
                 sep = "\t",
                 comment.char = "!")
head(input)
input$probe_id=input$ID
head(input)

mydata=merge(myexpression,input,by='probe_id')
head(mydata)

colnames(a)
boxplot(mydata[,2:42])
getwd()

save(mydata,file = "G:/silicosis/geo/GSE103548_rna-seq_llc_mle-12/GSE114761_various_A549_TGFB/myexpression_matrix.rds")
load("G:/silicosis/geo/GSE103548_rna-seq_llc_mle-12/GSE114761_various_A549_TGFB/myexpression_matrix.rds")

colnames(mydata)
a=read.table(file = 'clipboard')
head(a)
a=a[-1,]
a
colnames(mydata)[2:43]=a$V2
head(mydata)


mydata[mydata$Gene.symbol=='RETN'|
         mydata$Gene.symbol=='IGHA1'|
         mydata$Gene.symbol=='RETNLB',]




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