linux 下安装blat软件
linux 下安装blat软件
blat是一款很经典的比对工具，与blast相比，具有速度快、共线性输出比对结果等优点。但是，blat源码包里面的README文件写得很不清楚，这里，我来提供一份详细的安装文档。
0、下载地址：http://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/
1、解压 blastSrc.zip文件夹，并进入blastSrc；
2、在bash下输入"uname -a"(不要加双引号)查看Linux版本类型，我的机器得到下面信息：
3、我们只需要第2步骤里面类似(i386 i686 sparc alpha x86_64 ppc)信息，针对我的系统，就是x86_64
4、在bash下输入"export MACHTYPE=x86_64"(不要加双引号)并回车
5、新建当前目录 ./bin/$MACHTYPE文件夹(针对我的机器，就是 ./bin/x86_64)，在bash下输入"mkdir ${PWD}/${MACHTYPE}"(不要加双引号)并回车
6、修改inc目录的common.mk文件， 输入“vim inc/common.mk”，将BINDIR =${HOME}/bin/${MACHTYPE}修改为BINDIR =./bin/$MACHTYPE文件夹的绝对路径
7、在bash下输入"make"(不要加双引号)并回车
8、将"./bin/$MACHTYPE文件夹的绝对路径"加入环境变量export PATH=绝对路径
这样我们就将blat安装好了。 注意：第8步最好是将blat的绝对路径写入到~/.bashrc文件中，即在"export PATH="后面插入"x86_64的绝对路径:"(不要加双引号)，然后source ~/.bashrc更新环境变量，即可永久使用。 上述方法不要求具有root权限，非root用户照样可以使用。 blat的使用教程请参考：http://genome.cse.ucsc.edu/goldenPath/help/blatSpec.html