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科学工作流Taverna简要介绍

吴涵育
2023-12-01

工作流在商业领域内正方兴未艾。在科学领域内(e-science),工作流技术也得到了广泛的应用。特别是一些数据量庞大的学科,如生物信息学、物理学等等。在这些领域内比较出名的工作流管理系统有Kepler、Taverna、Triana、Pagesus....。这中间的系统Taverna是一匹黑马,后来居上,有很大的发展空间。

 

Taverna是一个基于Java开源的科学工作流管理系统,得到OMII-UK(开放中间件基础架构研究所-英国)支持,由myGrid开发。Taverna 1序列版本的Team Leader是Tom Oinn。他设计和实现了第一代的Taverna,花了6个月时间~~~~~,现在开了一家咨询公司:http://www.crypticsquid.com/

OMII-UK is funded by EPSRC through the UK e-Science Core programme. It is a collaboration between the School of Electronics and Computer Science at the University of Southampton, the OGSA-DAI project at the National e-Science Centre and EPCC, and the myGrid project at the School of Computer Science at the University of Manchester.

在Taverna2.0前,工作流的执行引擎是Freefluo,这个引擎大家可能比较容易在网上搜索java工作流引擎时候看到,但是名声没有其他商业工作流的引擎例如activeBPEL等响亮。Freefluo到了0.9版本以后没有再更新,Taverna到1.7版本之前的工作流解释引擎都是Freefluo,它正宗的的工作流的描述语言叫SCUFL。这个语言对于描述数据驱动的工作流有很大的优势,比较直观。在Taverna2.0时候在一篇论文中看到他们放弃了Freefluo。

 

目前版本到了2.2,下一步改系统的发展是希望在云计算平台使用~,个人觉得该系统的代码可以值得研究一下。

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