排序出错Java_使用picard排序去重出错

命令：

java -jar/public/home/nieyg/biosoft/package/picard-tools-1.124/picard.jar SortSam \

I=/public/home/nieyg/atacseq/data/Rawdata/align/LDN-D2-1.raw.bam\

O=LDN-D2-1.sort.bam \

SORT_ORDER=coordinate

错误信息：Exception in thread "main" htsjdk.samtools.SAMFormatException:SAM validation error: ERROR: Record 78004, Read nameE00477:238:hggvjccxy:8:2224:1519:63050, Zero-length read without FZ, CS or CQtag

用for i in *.bam ;do (samtools quickcheck $i && echo "ok" || echo $i error);done检查，所有的bam文件都OK

检查fastq文件的开头也正常

解决方法：https://www.biostars.org/p/299281/给出加一个参数VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT

可以运行，但是不知道错误原因到底是什么。