lammps教程：delete_atoms 命令详解

lammps建模时，我们使用create_atoms创建原子，有些情况下，需要删除一些原子，用到的命令为：delete_atoms。
delete_atoms语法：

delete_atoms style args keyword value ...

下面介绍delete_atoms常见的用法
1.删除组内或区域内原子
整组或者整个区域删除原子，直接使用group或者region关键字即可，删除原子后原子ID已经不连续，使用compress yes可对ID序号进行压缩，也就是重新排序，产生连续的原子ID。

#删除edge组内所有原子
delete_atoms group edge
#删除sphere区域内所有原子，并且不压缩ID
delete_atoms region sphere compress no

2. 删除重叠原子
在不同区域内填充原子，有可能会造成两区域边界部分原子重叠，产生重叠的原子之间受力过大容易飞出box，出现“lost atoms”错误。
因此，在建模时可删除重叠原子，用的命令为：
delete_atoms overlap args = cutoff group1-ID group2-ID
group1-ID、group2-ID为两个原子组，cutoff确定原子间距，间距在cutoff内并且分别处于两个组内的原子之一（group1-ID组）会被删除。
如：

delete_atoms overlap 0.3 group1 group2

3. 随机删除原子
按照一定比例随机删除原子，比如随机产生空位，语法为：
delete_atoms porosity args = region-ID fraction seed
fraction为删除原子比例，seed为随机数种子。

delete_atoms porosity cube 0.1 482793

4. 删除分子
分子含有多个原子，如果仅删除一个原子，如H2O仅删除一个H或者一个O原子，在模拟的时候可能会报错。
这时候就需要删除整个H2O分子，加上关键字mol即可。

delete_atoms 	overlap 0.5 Water Cu  mol yes

以上为delete_atoms的主要用法，更高级的使用说明请查询官网手册。

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