DICOM介绍
DICOM3.0图像,由医学影像设备产生标准医学影像图像,DICOM被广泛应用于放射医疗,心血管成像以及放射诊疗诊断设备(X射线,CT,核磁共振,超声等),并且在眼科和牙科等其它医学领域得到越来越深入广泛的应用。在数以万计的在用医学成像设备中,DICOM是部署最为广泛的医疗信息标准之一。当前大约有百亿级符合DICOM标准的医学图像用于临床使用。
看似神秘的图像文件,究竟是如何读取呢?网上随便 一搜,都有很多方法,但缺乏比较系统的使用方法,下文综合百度资料,结合python2.7,讲解如何读取及使用DICOM图像。
读取DICOM图像,需要以下几个库:pydicom、CV2、numpy、matplotlib。pydicom专门处理dicom图像的python专用包,numpy高效处理科学计算的包,依据数据绘图的库。
安装:
pip install matplotlib
pip install opencv-python #opencv的安装,小度上基本都是要下载包,安装包后把包复制到某个文件夹下, #后来我在https://pypi.python.org/pypi/opencv-python找到这种pip的安装方法,亲测可用
pip install pydicom
pip install numpy
如果没有记错,安装pydicom时,也会自动把numpy安装上。
安装好这些库后,就可以对dicom文件操作。
具体看下面代码:
#-*-coding:utf-8-*- import cv2 import numpy import dicom from matplotlib import pyplot as plt dcm = dicom.read_file("AT0001_100225002.DCM") dcm.image = dcm.pixel_array * dcm.RescaleSlope + dcm.RescaleIntercept slices = [] slices.append(dcm) img = slices[ int(len(slices)/2) ].image.copy() ret,img = cv2.threshold(img, 90,3071, cv2.THRESH_BINARY) img = numpy.uint8(img) im2, contours, _ = cv2.findContours(img,cv2.RETR_LIST,cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE) mask = numpy.zeros(img.shape, numpy.uint8) for contour in contours: cv2.fillPoly(mask, [contour], 255) img[(mask > 0)] = 255 kernel = cv2.getStructuringElement(cv2.MORPH_ELLIPSE,(2,2)) img = cv2.morphologyEx(img, cv2.MORPH_OPEN, kernel) img2 = slices[ int(len(slices)/2) ].image.copy() img2[(img == 0)] = -2000 plt.figure(figsize=(12, 12)) plt.subplot(131) plt.imshow(slices[int(len(slices) / 2)].image, 'gray') plt.title('Original') plt.subplot(132) plt.imshow(img, 'gray') plt.title('Mask') plt.subplot(133) plt.imshow(img2, 'gray') plt.title('Result') plt.show()
在DICOM图像里,包含了患者的相关信息的字典,我们可以通过dir查看DICOM文件有什么信息,可以通过字典返回相关的值。
import dicom import json def loadFileInformation(filename): information = {} ds = dicom.read_file(filename) information['PatientID'] = ds.PatientID information['PatientName'] = ds.PatientName information['PatientBirthDate'] = ds.PatientBirthDate information['PatientSex'] = ds.PatientSex information['StudyID'] = ds.StudyID information['StudyDate'] = ds.StudyDate information['StudyTime'] = ds.StudyTime information['InstitutionName'] = ds.InstitutionName information['Manufacturer'] = ds.Manufacturer print dir(ds) print type(information) return information a=loadFileInformation('AT0001_100225002.DCM') print a
总结
以上就是这篇文章的全部内容,希望本文的内容对大家的学习或者工作能带来一定的帮助,如果有疑问大家可以留言交流,谢谢大家对小牛知识库的支持。
本文向大家介绍Python OpenCV读取中文路径图像的方法,包括了Python OpenCV读取中文路径图像的方法的使用技巧和注意事项,需要的朋友参考一下 引言 这几天做点小东西,涉及到OpenCV读取中文图像的问题 如果直接读取中文路径的图像,往往返回[] 缘起 偶然发现opencv 读取图像,解决imread不能读取中文路径的问题文章,代码简单有效,可以参考下文章底部附录 但是作者代码注释
本文向大家介绍python 读取dicom文件,生成info.txt和raw文件的方法,包括了python 读取dicom文件,生成info.txt和raw文件的方法的使用技巧和注意事项,需要的朋友参考一下 目标:利用python读取dicom文件,并进行处理生成info.txt和raw文件 实现:通过pydicom读取dicom文件 代码: 代码编写过程遇到的问题及解决方法: Problem o
本文向大家介绍对python pandas读取剪贴板内容的方法详解,包括了对python pandas读取剪贴板内容的方法详解的使用技巧和注意事项,需要的朋友参考一下 我使用的Python3.5,32版本win764位系统,pandas0.19版本,使用df=pd.read_clipboard()的时候读不到数据,百度查找解决方法,找到了一个比较靠谱的 打开site-packages\pandas
本文向大家介绍对Python获取屏幕截图的4种方法详解,包括了对Python获取屏幕截图的4种方法详解的使用技巧和注意事项,需要的朋友参考一下 Python获取电脑截图有多种方式,具体如下: PIL中的ImageGrab模块 windows API PyQt pyautogui PIL中的ImageGrab模块 使用PIL中的ImageGrab模块简单,但是效率有点低,截屏一次需0.5s。 win
在我的Python3.7中,我想阅读DICOM。但我面临这样的通知: notimplementederror:此传输语法JPEG 2000图像压缩(仅无损),无法读取,因为枕头缺少JPEG 2000解码器插件。 我试过这个解决方案,但anaconda prompt给了我这个: 失败
本文向大家介绍对Python之gzip文件读写的方法详解,包括了对Python之gzip文件读写的方法详解的使用技巧和注意事项,需要的朋友参考一下 gzip文件读写的时候需要用到Python的gzip模块。 具体使用如下: 除了open文件的时候和TXT文件有些区别,在用的时候没有其他区别;也可以用with简化程序: 以上这篇对Python之gzip文件读写的方法详解就是小编分享给大家的全部内容了